Le Dr Jack Gilbert veut salir nos hôpitaux.

Son idée va à l’encontre de centaines d’années de pratique scientifique. Depuis qu’un chirurgien du nom de Joseph Lister a été le premier à utiliser des techniques antiseptiques en 1867 et à sauver des milliers de vies, la médecine moderne a travaillé sans relâche pour créer des environnements médicaux stériles – exempts de micro-organismes.

Tout a changé lorsque le Dr Gilbert, directeur associé de l’Institut de génomique et de biologie systémique du Laboratoire national d’Argonne, a commencé à étudier les dauphins en 2014. Il a remarqué que les animaux étaient en meilleure santé quand l’eau de l’aquarium était « sale ».

« Nous avons vu l’intérêt d’augmenter la diversité microbienne de l’habitat », a expliqué M. Gilbert. Selon le Dr. Gilbert, l’absence d’un riche écosystème microbien, en particulier dans nos hôpitaux, pourrait causer plus de mal que de bien, conduisant à des souches résistantes aux médicaments de superbactéries puissantes et de virus infectieux.

L’écrivain scientifique Ed Yong est d’accord avec le Dr Gilbert, qu’il présente dans son livre « I Contain Multitudes », qui tente de nous faire changer d’avis sur les bactéries. Yong souligne qu' »il y a davantage de bactéries dans votre intestin qu’il n’y a d’étoiles dans notre galaxie », et que parmi celles-ci, moins de 100 espèces de bactéries compromettent notre santé. Les autres, qui coexistent en nous et entre nous, sont non seulement inoffensives, mais elles nous protègent et font de nous ce que nous sommes.

Chaque centimètre carré d’espace contient des milliards de microbes, même les paysages apparemment désolés de glace arctique ou de sable saharien. Avant les humains, les microbes étaient la seule chose qui existait sur Terre.

Les microbes, un microorganisme presque toujours invisible à l’œil nu, ont passé 90 % plus de temps ici que nous, évoluant de manière invisible depuis des millions d’années. Au lieu d’évoluer à leurs côtés, nous nous sommes associés à eux dans ce que les scientifiques appellent le « co-développement ». Nous ne pouvons pas vivre sans les microbes que nous hébergeons.

Les microbes n’ont pas seulement un impact sur la forme d’un grand nombre de nos organes, ils remplacent les cellules mourantes et endommagées et aident notre corps à absorber et à stocker les nutriments et les graisses. Les plantes, les animaux et les humains mourraient sans ces microbes auto-stoppeurs à vie.

Certains animaux commencent à se développer avec des microbes dès le début. Les humains entrent d’abord en contact avec les leurs dans le canal de naissance (la filière pelvigénitale). À partir de ce moment, les microbes renforcent notre système immunitaire, aidant notre corps à apprendre à vivre avec les maladies virales qui entrent dans notre système sanguin.

« Il y a davantage de bactéries dans vos intestins
qu’il n’y a d’étoiles dans notre galaxie. »

– Ed Yong, écrivain scientifique, auteur de « I Contain Multitudes« .

Le lait humain est rempli d’une substance unique que les bébés ne peuvent pas digérer sans l’aide du délicat microbiome qu’ils développent dans leurs intestins.

Les animaux domestiques modifient encore plus les microbiomes, pour le meilleur et pour le pire — bien que des études aient montré que les chiens, qui s’accompagnent de leur propre ensemble de microbes antiallergiques, sont les plus bénéfiques pour la santé microbienne d’un ménage, en aidant à renforcer le système immunitaire de ses enfants.

Dans certains cas, les microbes sont à la fois mortels et curatifs. Clostridioides difficile, une maladie infectieuse causée par un déséquilibre de bactéries par ailleurs saines qui attaquent la paroi de l’intestin grêle et du gros intestin, peut entraîner la mort. Si elle n’est pas traitée rapidement, cette maladie rongera la paroi du tube digestif.

Récemment, un remède avec un taux de réussite de 94 % pendant sa phase d’essai a été trouvé dans un endroit très improbable : les toilettes. Le traitement ? Une transplantation fécale, où les selles d’un donneur sain sont placées à l’intérieur du tube digestif de personnes atteintes de Clostridioides difficile pour rétablir un équilibre sain des bactéries dans l’intestin. Elle se présente maintenant sous forme de pilule.

Une tendance qui a moins fait parler d’elle dans la communauté scientifique est la consommation de yaourts de culture vivante et de probiotiques comme moyen d’équilibrer nos propres microbiomes. Des études montrent que la simple consommation de bactéries saines n’est pas la solution. L’objectif ne peut pas se limiter à l’ajout de microbes, il faut trouver un moyen de les nourrir et de les entretenir.

En 2008, un groupe de villageois qui aurait passé 11 000 ans dans l’isolement, a été repéré dans une partie reculée de la forêt amazonienne. En 2015, les scientifiques ont découvert que des milliers d’années d’isolement leur avaient laissé les microbiomes les plus divers qu’ils aient jamais vus. Les scientifiques ont conclu que leur diversité microbienne était une preuve supplémentaire que les batailles menées contre les germes dans le monde industrialisé avaient un peu trop bien fonctionné. Ceux d’entre nous qui vivaient dans les villes et villages modernes avaient détruit une si grande partie de la vie microscopique saine qui appartenait à notre corps qu’elle avait rendu nos propres microbiomes comparativement déficients.

Cela ne veut pas dire que les pionniers de la recherche microbienne comme Joseph Lister ont eu tort d’employer des pratiques hygiéniques. Des vies incalculables ont été sauvées grâce aux traitements antiseptiques et antibiotiques.

Cependant, la surutilisation d’antibiotiques et de nettoyants antiseptiques a un impact sur notre capacité à maintenir un équilibre de microbes sains dans notre corps et notre environnement. Des études continuent de prouver que les espèces nuisibles exploitent les zones où il y a trop peu de bonnes bactéries pour se défendre. La stérilité ne devrait pas être notre objectif.

« Un écosystème diversifié vaut mieux
qu’un écosystème appauvri ».

– Ed Yong

Cet article a été traduit de l’anglais. (Article original écrit par Joselin Linder le 20 août 2020)

Pour apprendre à faire des repas végétaliens sains et délicieux, en digérant mieux et en atteignant un poids sain, allez voir mes programmes.